O terminal do aeroporto é pequeno e bem organizado, mas um pouco desatualizado e bastante cheio nas alturas em que mais aviões se encontram aqui.
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Devido à sua pequena dimensão, a orientação do aeroporto é muito simples e as distâncias a pé desde a entrada até ao avião não ultrapassam os 100 metros.
O controlo de imigração à chegada tende a ser eficiente e as filas de espera são normalmente de 10 a 20 minutos.
Transferências entre voos
Agadir não é tipicamente um aeroporto de transbordo e, se desejar mudar de um voo internacional para um voo doméstico ou entre voos internacionais, terá sempre de sair da zona de trânsito e efetuar novamente o check-in.
É possível efetuar um transbordo doméstico (por exemplo, Casblanca - Agadir - Dakhla) sem sair da zona de trânsito.