Chania tem um único terminal, pequeno e de aspeto moderno, onde é muito fácil orientar-se. As distâncias até aos aviões são curtas; durante a época de verão, é de esperar grandes aglomerações num espaço relativamente pequeno.

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O check-in para voos de e para o Espaço Schengen realiza-se num átrio comum. Os passageiros só são separados depois de passarem pela verificação de segurança conjunta; alguns portões de embarque situam-se para além do controlo de passaportes, enquanto outros não.

Tanto o átrio de partidas como o de chegadas situam-se no rés-do-chão.

O aeroporto encerra entre a última e a primeira chegada; o horário de funcionamento é normalmente das 4h00 à meia-noite.