O aeroporto de Jacarta opera em três terminais:
- Terminal 1: apenas recebe voos domésticos da Citilik, Batik Air, Transnusa e voos seleccionados da Lion Air,
- Terminal 2: trata dos voos internacionais da Air Asia, Asiana Airlines, Batik Air, Cathay Pacific, Cebu Pacific, Etihad, EVA Air, Malaysia Airlines, Malindo Air, Philippine Airlines, Qantas, Qatar, Royal Brunei, SriLankan e Turkish Airlines, bem como dos voos domésticos da Air Asia, Nam Air, Sriwijaya Air e de determinados voos da Lion Air,
- Terminal 3: acolhe todos os voos da Garuda (domésticos e internacionais) + voos internacionais apenas da Air China, ANA, China Airlines, China Southern Airlines, Citilink, Emirates, Ethiopian Airlines, Japan Airlines, Jetstar, KLM, Korean Air, Oman Air, Saudia, Scoot, Singapore Airlines, THAI, Vietnam Airlines e Xiamen Air.
Um autocarro gratuito do aeroporto e um comboio automático circulam entre os terminais com intervalos de cerca de 10 minutos.
Como é muito provável que faça uma ligação entre dois voos não consecutivos, recomenda-se que reserve um mínimo de 3 horas para os voos de ligação.