Existe um pequeno terminal em Pisa, que tende a ficar congestionado no verão. Por conseguinte, é aconselhável contar com grandes multidões e filas de espera para os controlos de segurança que podem durar até 30 minutos. As distâncias entre a entrada e a saída do avião são muito curtas.
Hotéis baratos perto do aeroporto de Pisa
O terminal do aeroporto tem apenas um nível, com as partidas à direita e as chegadas à esquerda.
Após o controlo de segurança, encontra-se uma área com restaurantes e portas de embarque para o espaço Schengen, depois o controlo de passaportes e as portas de embarque para os voos com destino aos países não-Schengen.