O aeroporto está dividido em dois terminais A e B, que se encontram a cerca de 100 metros de distância ao longo de um passadiço. Ambos estão abertos 24 horas por dia.
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Os terminais estão divididos de acordo com as companhias aéreas que neles efectuam o check-in.
- Terminal A - Aerolineas Argentinas, Aeromexico, Aeroregional, Air Canada, Air Caraibes, Air Europa, Air Transat, Avior, Condor, Discover Airlines, Edelweiss/Swiss, Evelop Airlines, Finnair, GOL, Icelandair, IFly, InterCaribbean Airways, JetBlue, LATAM, LOT, Lufthansa, Nordwind Airlines, Orbest, Southwest, Spirit Airlines, Sun Country Airlines, Sunwing, Thomas Cook Airlines, TUI, United, Westjet, Wingo, World2fly
- Terminal B - Air France, Allegiant Air, American Airlines, Avianca, British Airways, Copa Airlines, Delta Airlines, Frontier Airlines
O aeroporto foi construído ao estilo de gazebos à beira-mar, mas os terminais são de facto modernos e climatizados.
Controlo de imigração e cartão de turista
As filas para o controlo de imigração tendem a ser curtas e raramente duram mais de 30 minutos.
O controlo de imigração propriamente dito consiste normalmente apenas em perguntar quanto tempo vai ficar na República Dominicana.
No passado, era necessário pagar um cartão turístico especial à chegada, mas atualmente a taxa do cartão turístico está incluída no preço de todos os bilhetes de avião. Por conseguinte, não é necessário tomar quaisquer medidas nem pagar nada à chegada.
Transferências entre voos
Punta Cana não é um aeroporto de ligação típico, mas ainda assim oferece uma transferência conveniente entre voos, ao ponto de ter tudo numa só reserva e não ter de voltar a despachar a bagagem.
Caso tenha comprado os seus bilhetes separadamente e combine o transfer no Aeroporto de Punta Cana por sua conta, terá sempre de passar pela imigração e recolher a sua bagagem. Em seguida, efetuar novamente o check-in e passar pela segurança de volta à área de trânsito.
